世界貿易組織是對關稅與貿易總協定的繼承和發展。直到1995年1月1日被世界貿易組織替代，關稅與貿易總協定臨時適用了近半個世紀，世界貿易組織吸收了關稅與貿易總協定的經驗和精華。
從法律制度的角度看，二者主要存在下述區別：
1.確立、適用的法律依據不同。世界貿易組織多邊法律制度的基礎是《世界貿易組織協定》，
這是一個永久性的協定；而適用前《關稅與貿易總協定》的依據則是1947年簽署的《關稅與貿易總協定臨時適用議定書》(PPA)，該議定書已被1994年關稅與貿易總協定廢除。
2.約束力度不同。世界貿易組織在實質意義上不允許成員對世界貿易組織規則作出保留或偏離世界貿易組織規則，各成員的國內立法應與世界貿易組織規則保持一致，國內法的規定不應成為不履行世界貿易組織義務的理由；而在關稅與貿易總協定制度下，《關稅與貿易總協定臨時適用議定書》則明確允許在不違反現有國內立法的范圍內最大程度地適用《關稅與貿易總協定》的第二部分(被稱為祖父條款或祖父權利)，國內法的規定可以成為不履行有關義務的借口。
3.法律框架的結構不同。世界貿易組織多邊法律制度是一個完整的統一制度，對所有的成員都有約束力，成員不得有選擇地參加協議(極少數成員參加的附件4中的諸邊協議除外)，各成員承擔的義務是相同的；在關稅與貿易總協定框架下，各協議間是相互獨立的、分散的，不同締約方受不同協議的約束，不同的協議有不同的參加方，不同參加方間的權利義務有可能是不同的。
4.調整范圍不同。世界貿易組織既調整貨物貿易、又調整服務貿易，還調整與貿易有關的知識產權，它所調整的貨物貿易還包括了紡織品貿易和農產品貿易。而以前的關稅與貿易總協定只調整貨物貿易，但又不包括紡織品貿易，對農產品貿易的調整也缺乏強有力的約束。
5.爭端解決制度不同。世界貿易組織爭端解決制度是統一的，各成員根據不同協議產生的爭端都適用同一爭端解決制度；而在關稅與貿易總協定框架下，不同的協議有不同的爭端解決制度，表現出分散性。兩個制度下，申請設立專家組、通過和實施爭端解決報告的程序，都不相同。（來源：國際商報）
